El Canal del Gran Priorato de San Juan fue construido a expensas del infante don Gabriel, hijo del rey Carlos III, por su arquitecto Juan de Villanueva para encauzar y aprovechar las aguas sobrantes de las lagunas de Ruidera.

El proyecto para la construcción del canal fue obra del arquitecto real Juan de Villanueva bajo el nombre Plan geographico de las Lagunas de Ruidera y curso que hacen sus aguas sobrantes con el nombre de Río Guadiana.

La Ordenanza para la construcción y gobierno del Canal del Gran Priorato de San Juan fue aprobada por el Rey Carlos III, mediante Real Cédula, el día 14 de marzo de 1783.

Sin embargo, la existencia de un caz en el curso del Alto Guadiana se recoge ya en fuentes documentales del siglo XVI. Las Capitulaciones de la Villa de Argamasilla (1542) o las Relaciones Topográficas de Felipe II (1575) refieren la existencia de un caz que arrancaba en una pequeña presa -El Atajadero- emplazada aguas abajo de las Lagunas de Ruidera, en un paraje situado no lejos de donde hoy se alza la presa del embalse de Peñarroya.

En la actualidad sólo sobreviven algunos vestigios abandonados de esta magna obra de la ingeniería ilustrada española.